Program Studi Teknik Industri (S-1) menjalin kerja sama dengan berbagai instansi baik instansi negeri maupun swasta pada bidang pemerintahan, industri, kesehatan, militer dan lain sebagainya melalui Memorandum of Aggrement (MoA) FTTI ataupun Memorandum of Understanding (MoU) UNJAYA. Adapun beberapa instansi mitra kerjasama tersebut yaitu
- PT Mega Andalan Kalasan
- PT Indaco Warna Dunia
- PT Udaka
- PT Akebono Brake Astra Indonesia
- Pemerintah Kota Yogyakarta
- BKSTI Korwil V Yogyakarta
- Brainly
- SMK Muhammadiyah Prambanan
- PT Kode Inovasi Teknologi
- LPPM Akprind
- PT Indo Jaya Perkasa
- PT Darindo Abadi Sejahtera
- PT Jaya Prima Perkasa
- Dinas Sejarah TNI Angkatan Darat (DISJARAHAD)
- Resimen Induk Komando Daerah Militer (RINDAM) IV Diponegoro
- Pemerintah Kabupaten Bantul
- Pemerintah Kabupaten Sleman
- BAPPEDA Bantul
- Universitas Proklamasi 45 Yogyakarta
- Universitas Gadjah Mada
- Universitas Jenderal Achmad Yani Cimahi
- Universitas Islam Negeri Raden Patah Palembang
- LPPM Universitas Ahmad Dahlan
- Universitas Islam Indonesia
- Universitas Respati Yogyakarta
- dan berbagai Mitra lainnya